Neptuna, une petite extra-terrestre, est envoyée en mission sur la planète Terre afin d'étudier le monde marin. A bord de son vaisseau l'Hydronaute, équipé d'un ordinateur central qui répond au nom de Obo, Neptuna amerrit en catastrophe dans la mer Baltique. Là, elle rencontre Balty, le phoque et Ponto, le goéland, qui décident de la suivre dans son périple. Les hydronautes retrace l'odyssée sous-marine de nos trois amis. Au travers de leurs aventures, les hydronautes, nous font découvrir l'incroyable richesse et diversité de l'univers aquatique. Neptuna va aussi découvrir que l'intervention de l'Homme est parfois dangereuse pour l'environnement (par exemple : les détergents dans la mer, le trafic maritime trop intense, les marées noires...) Neptuna porte un grand regard neuf et étonné sur notre monde. Naïve, curieuse, mais également très sensible et émotive, Neptuna ne peut s'empêcher d'intervenir et d'aider ceux qu'elle trouve dans une situation délicate...